В середине ХVII века население Мытищ увеличилось до 392 человек за счет переселения сюда по указанию царя крестьян из других дворцовых сел и деревень. На противоположном берегу Яузы возникла Заречная слобода, а в 1683 году у Троицкой дороги появилось новое поселение – Новоселки, которое позже получило название Малые Мытищи. С этого времени село на Яузе стало называться Большими Мытищами.
К концу ХVII века село Мытищи полностью перешло в разряд дворцовых владений. Население его неуклонно росло и к концу ХVIII столетия превысило шестьсот человек. К моменту отмены крепостного права селение на Яузе состояло из двух частей – села Большие Мытищи и Заречной слободы с общей численностью населения свыше девятисот человек. Изменилось и его социально-экономическое положение, на что существенно повлияло открытие в 1862 году железной дороги Москва–Сергиев Посад.
Лично свободные крестьяне стали работать на фабриках и заводах, заниматься торговлей, извозом. В селе начали открываться постоялые дворы, трактиры, питейные дома, лавки. Близ Мытищ работало несколько кирпичных заводов, а в 1896 году был основан Вагоностроительный завод, который в дальнейшем стал градообразующим предприятием. В 1908 году рядом с заводом открылась фабрика искусственного шелка «Вискоза». Вокруг завода и фабрики вырос рабочий поселок. Благодаря учреждению земств в Мытищах в 1872 году открылась первая в Московском уезде земская школа.
Из переписи 1913 года видно, что в это время Мытищи являлись заводским поселком с населением семь тысяч человек. Мытищинские рабочие принимали активное участие в революционных событиях 1917 года. После революции и гражданской войны в период восстановления народного хозяйства в Мытищи вновь начался приток рабочих. Это повлияло на количественный и социальный состав села Большие Мытищи. 17 августа 1925 года Президиум Всероссийского Центрального Исполнительного Комитета принял постановление о преобразовании ряда поселков Московской губернии, в том числе и Мытищи, в города. Во вновь образованном городе проживало свыше десяти тысяч человек. Семь лет спустя в состав города вошли ряд близлежащих деревень, сел, рабочих и дачных поселков.
Храм Владимирской иконы Божией Матери впервые упомянут в документах в 1713 году, когда «по челобитью Московского уезда села Мытищ Богородицкого попа Дмитрия» был освящен придел Николая Чудотворца». Эта дата условно считается датой построения храма. Вторично о каменном храме в селе Мытищи упоминается в 1735 году, когда священник церкви Владимирской иконы Божией Матери
«в примосковной ея величества благоверныя государыни царевны Елисаветы Петровны вотчине Танинской волости, в селе Мытищах» Иван Федоров и староста Трофим Иванов обратились в Синодальный Казенный Приказ за разрешением устроить в храме каменный пол, так как деревянный погнил и обветшал. Разрешение было дано и деревянный пол заменили на каменный. Одновременно на каменные же заменили деревянные престолы.
В 1814 году за ветхостью были разобраны старая трапезная и колокольня. Двумя годами позже священник Дмитрий Федоров обратился к управляющему Московской епархией архиепископу Дмитровскому Августину с прошением построить новую трапезную и колокольню. Они были построены в 1819 году. В 1832 году при участии архитектора Петра Петровича Буренина к храму был пристроен северный придел святителя Николая, а в 1898 году по проекту Бориса Николаевича Шнауберта – придел преподобного Сергия Радонежского. Рядом с церковью находилось кладбище. Здесь была похоронена уроженка села Большие Мытищи крестьянка Авдотья Гавриловна Карцева, кормилица императора Александра II (кладбище не сохранилось).
После строительства первого Московского водопровода в 1804 году каждый год 1 августа (по старому стилю) от храма Владимирской иконы Божией Матери к Святому (Громовому) ключу, от которого начинался водопровод, направлялся крестный ход, и там, у часовни (несохранившейся) совершался водосвятный молебен.
Во второй половине ХIХ века храм входил в шестой благочиннический округ Московского уезда и был одноштатным. В 1906 году к храму была приписана церковь в поселке Перловский, и штат храма был увеличен. В конце 1912 году настоятелем храма стал священник Николай Протопопов. Он изыскивал средства для строительства церковно-приходской школы. В 1914 году школа с часовней по проекту архитектора Ивана Ивановича Поздеева была построена, и священник преподавал в ней закон Божий. Кроме занятий с детьми в церковно-приходской школе проводились миссионерские беседы, собрания общества трезвости.
В 1929 году началась кампания по сбору подписей за закрытие храма. Около шестисот прихожан, в основном женщин, собралось для его защиты. Они согласились разойтись только после того, как им пообещали не закрывать храм. Однако настоятеля отца Сергия Ильинского и священника Сергия Левшина сослали на Соловки. Богослужения в храме все-таки продолжались, и в 1930 году был вновь поставлен вопрос о закрытии церкви. Разорить ее не удалось, но с колокольни был снят большой колокол, часовня, стоявшая близ храма, была снесена, а часть церковного здания заняли склады. В 1935 году храм передали обновленцам.
В начале войны в 1941 году колокольня была частично разрушена из опасения, что она может послужить ориентиром при бомбардировках военного завода в Подлипках. В 1942 году храм была закрыт, и в нем разместили мастерские по ремонту пожарных машин, а потом базу снабжения Управления внутренних дел Московской области. В этот период храм был основательно перестроен, и только выступ апсиды и верхняя часть восьмерика над главным храмом и церковная ограда со старинными чугунными решетками напоминали о том, что это здание было когда-то храмом Божиим.
В 1991 году храм был возвращен верующим. Настоятелем стал игумен Александр (Агриков), ныне епископ Дмитровский, викарий Московской епархии. Он же в 1994 году возглавил Мытищинское благочиние.
В центральном Мытищинском храме, Владимирском, тогда находился склад, и поначалу богослужения совершались в соседнем доме. Администрация Мытищинского района поддержала благочинного в его трудах и оказала всемерную помощь по восстановлению храма. Были некоторые проблемы с организациями, которые не хотели освобождать помещение храма, но и это со временем удалось преодолеть.
Первое после долгого перерыва богослужение в храме Владимирской иконы Божией Матери состоялось 23 мая 1991 года. Тогда же начались работы по восстановлению храма, в основном завершенные в 1995 году. В 1999 году, в преддверии 2000-летия Рождества Христова, вновь была возведена колокольня. Восстановительные работы заняли целый год: готовились чертежи, собиралась конструкция купола, колокольню штукатурили и красили. Подъем купола состоялся 5 ноября 1999 года. Теперь колокольню венчает серебристая главка со шпилем и крестом.
Настоятелем храма Владимирской иконы Божией Матери является протоиерей Димитрий Оловянников, благочинный церквей Мытищинского округа, секретарь Сергиево-Посадского епархиального управления.